Eesti looduse infosüsteem (EELIS) on riigi infosüsteemi andmekogu loodusandmete kogumiseks, haldamiseks ja kasutamiseks. Selles toimub endisesse keskkonnaregistrisse kuuluvate looduskaitse ja veega seotud valdkondade andmete sisestamine ja haldamine. Kuid EELIS sisaldab ka muud infot, mis keskkonnaregistrisse ei kuulunud (nt ürglooduse raamatu objektid, saarte nimestik, pärandkultuuriobjektid, Natura elupaikade andmestik).

Eesti looduse infosüsteemi (EELIS) kantud kaitsealused loodusobjektid: kaitsealad, hoiualad, kaitsealused liigid, püsielupaigad, kaitstavad looduse üksikobjektid, kohaliku omavalitsuse tasandil kaitstavad loodusobjektid. I ja II kaitsekategooria liikide leiukohtadel ja kaitsealuste liikide püsielupaikadel on juurdepääsupiirang, asukohaandmed ei ole avalikud. Juurdepääsupiiranguga infot saab eraisik küsida kirjutades kaur@envir.ee.

Register sisaldab Eestis asuvate raudteerajatiste tehnilisi andmeid. Registri pidamise eesmärk on arvestuse pidamine raudteede ja raudteeveeremi ning vedurijuhtide, eriveeremi juhtide ja vedurijuhiabide üle. Registri pidamise aluseks on Raudteeliiklusregistri pidamise põhimäärus.

Eesti metsade majandamisega ja puiduvaruga seotud infot koondav andmekogu. Kõige vanemad andmed on kogutud alates 1995. aastast.

Andmestik sisaldab nitraaditundliku ala välispiiri, karstialasid, karstivorme, karstijärvikuid, kaitsmata põhjaveega alasid, sufosiooniauke. Andmeid hallatakse Eesti looduse infosüsteemis (EELIS).

Eesti looduse infosüsteemi (EELIS) kantud endise keskkonnaregistri jahipiirkondade nimistu, mis sisaldab suurulukijahi pidamiseks moodustatud alasid.

Eesti põhjaveekatastri andmestik puuraukude ja puurkaevude kohta koos detailinfoga. Andmestikku hallatakse Eesti looduse infosüsteemis (EELIS).

Kalapüügiseaduse § 61 lõike 9 alusel kehtestatud väikesed püügiruudud Eesti rannikumeres. Väikeste püügiruutude põhjal raporteeritakse kalapüügiandmeid.